Johannes werd geboren te Antiochië, Syrië, in het jaar 347. Zijn moeder, Anthusa geheten, bracht hem de eerste beginselen van het geloof bij, maar liet hem niet dopen. Daar zou hij als volwassene zelf voor moeten kiezen.
Johannes kreeg een opleiding tot retor. Welsprekendheid was in zijn tijd misschien wel het belangrijkste vak om verder te komen in de wereld: je moest het woord kunnen voeren. Omdat hij een hoogbegaafd spreker was, vlug van begrip en glad van de tongriem gesneden, leek er voor hem een prachtige politieke carrière weggelegd. Maar tijdens zijn studies was hij gaan ontdekken dat de christelijke geloofsleer eigenlijk de enige levensbeschouwing was die iets te vertellen had over alle facetten van het leven, inclusief de kennis van het goddelijke, de zichtbare en onzichtbare wereld, de wetenschap, de vragen rond goed en kwaad en je eigen persoon.
Hij trok zich als monnik terug in de eenzaamheid om God te zoeken en beter te leren kennen. Van daaruit werd hij in 398 tegen zijn zin door patriarch Theofilus van Alexandrië geroepen om Sint Nectarius op te volgen als patriarch van Constantinopel, destijds de hoofdstad van het Oost-Romeinse Rijk. In die hoedanigheid herzag hij de Griekse liturgie en besteedde hij veel aandacht aan bijbeluitleg. Hij had een grote bewondering voor Sint Paulus. Volgens zeggen zou deze hem dan ook meermalen verschenen zijn om hem te helpen bij de interpretatie van moeilijke passages in de Heilige Schrift. Over zijn uitleg van het evangelie van Matteüs moet de grote kerkgeleerde Sint Thomas van Aquino eens gezegd hebben: ‘Het bezit daarvan zou mij liever zijn dan de hele stad Parijs’.
In zijn preken en geschriften, waarvan er vele bewaard zijn gebleven, wist hij te zeggen waar het op stond. De zuiverheid van geloof en zeden ging hem boven alles. Hij joeg daarmee keizerin Eudoxia tegen zich in het harnas. Tot tweemaal toe wist zij gedaan te krijgen dat hij in ballingschap moest. Ongebroken ijverde Johannes voor de verbreiding van de christelijke geest: hij preekte, schreef, stuurde zendelingen naar delen van de wereld waar het christendom nog niet was doorgedrongen; hij deed wèl aan de armen; kortom hij was even geliefd bij zijn eigen mensen als gehaat bij zijn tegenstanders.
Hij stierf in 407 in ballingschap in het Armeense stadje Comana (het huidige Tokat, Noordoost-Turkije), zestig jaar oud. Daar vond hij ook voorlopig zijn laatste rustplaats.
Hij is patroon van predikanten, kanselredenaars en bijenkwekers (vanwege zijn welsprekendheid, die vaak met honing wordt vergeleken) en van studenten. Johannes Chrysostomus wordt aangeroepen tegen toevallen.
Tot in de jaren tachtig vierden in Vlaanderen de leerlingen van de retorica of laatstejaars van de (Grieks)-Latijnse humaniora in het secundair onderwijs, hun patroonheilige Johannes Chrysostomus op diens feestdag 27 januari. Immers in dat jaar lag het accent van de leerstof op de welsprekendheid en op de klassieke redenaars zoals Demosthenes, Cicero, Bossuet. Naarmate het aanbod in het secundair onderwijs werd verbreed en de accenten in de leerplannen werden verlegd, verdween ook de term retorica uit het onderwijs. De feesttraditie die eraan was verbonden bleef echter behouden. De laatstejaars van het secundair onderwijs zouden zich inspireren op de wijze waarop de miliciens hun termijn aftelden naar het einde van hun dienstplicht. Zo ontstond geleidelijk het feest van de Honderd Dagen: immers, 27 januari is (overbrenging relieken naar Constantinopel) honderd dagen verwijderd van het einde van het schooljaar, en dus van het secundair onderwijs.
